كریستوف كلمب مدت شش ماه در دربار باقي ماند و به لقب «دریا سالار دریاي اقیانوس وش» مفتخر شد البته منظور از دریاي اقیانوس وش، اقیانوس اطلس در غرب آسور بود. وي فرماندار دنیاي جدید، یا چنانکه خود می‌گوید «نایب السلطنه و فرمانده كل جزایر و سرزمینهاي آسیا و هند» شده بود. از آنجا که شایع بود ژان دوم، شاه پرتغال، مشغول تجهیز ناوگاني براي عبور از اقیانوس اطلس است، فردیناند به پاپ آلكساندر ششم متوسل شد که حقوق اسپانیا را بر «دریاي اقیانوس وش» معین سازد. پاپ اسپانیایي در یك سلسله توقیعات (١۴٩٣)، در طول یك خط فرضي که از ۴٣۵ كیلومتري غرب آسور و جزایر كیپ ورد به شمال و جنوب كشیده می‌شد، تمام سرزمینهاي غیر مسیحي مغرب را به اسپانیا، و تمام سرزمینهاي غیر مسیحي مشرق را به پرتغال تخصیص داد. پرتغال از قبول این مرزي امتناع ورزید؛ جنگ امري مسلم می‌نمود که دولتهاي متخاصم، مطابق عهدنامه تورذ سیلیاس (7ژوئن ١۴٩۴) موافقت كردند که این خط مرزي، براي اكتشافات پیشین در امتداد مداري واقع در ١۵٠٠ كیلومتري مغرب جزایر كیب ورد، و براي اكتشافات بعدي از ٢٢٢٠ كیلومتري مغرب این جزایر بگذرد. (انتهاي خاوري برزیل در مشرق خط مرزي دوم قرار می‌گیرد.) ناحیه جدید، در توقیعات پاپي، ایندیز (جزایر هند غربي) نامیده شد؛ دانشوراني چون پیتر و مارتیره دآنگیرا عقیده كریستوف كلمب را، که می‌پنداشت به آسیا رسیده است، پذیرفتند، و این تصور و پندار همچنان باقي ماند تا آنکه ماژلان كره زمین را دور زد. فردیناند و ایزابل، به امید طلا، كریستوف كلمب را با ناوگاني مركب از هفده كشتي و هزار و دویست ملاح و جاشو و عده زیادي حیوانات اهلي براي تشكیل و راه انداختن بساط دامپروري در جزایر هند غربي، و پنج تن روحاني براي توبه دادن و آمرزیدن اسپانیاییها و تعمید دادن بومیان مجهز ساختند و به سفر اكتشافي جدیدي فرستادند. سفر دوم در ٢۵ سپتامبر ١۴٩٣ از سویل شروع شد. سي و نه روز بعد (در برابر هفتاد روز سفر اول) دیده بان چشمش به جزیره‌اي افتاد که كریستوف كلمب، به مناسبت آنکه روز یكشنبه بود، بدان دومینیكا نام داد. كشتیها در آنجا پهلو نگرفتند، زیرا دریاسالار در پي شكار بزرگتري بود. او از میان غریبترین گروه جزایر آنتیلهاي كوچكتر گذشت، و چنان تحت تاثیر كثرت شماره آنها قرار گرفت که آنها را «یازده هزار باكره» نام داد؛ این جزایر هنوز به نام جزایر ورجین (باكره) مشهورند. كریستوف كلمب به رفتن ادامه داد تا پورتوریكو را كشف كرد؛ اندك مدتي در آنجا توقف كرد، و سپس با شتاب پیش راند تا دریابد بر سر ملاحاني که ده ماه قبل در هائیتي مانده بودند؛ براي خود در این منطقه حاره بهشتي برپا كرده و هر یك با پنج زن نرد عشق باخته بودند؛ برخي با هم نزاع كرده و یكدیگر را به قتل رسانده بودند؛ و بقیه نیز همگي به دست بومیان خشمگین از پاي درآمده بودند.

 ناوگان، در طول ساحل هائیتي، به جانب مشرق راند. دریاسالار در دوم ژانویه ١۴٩۴ سرنشینان و بارها را براي تشكیل ماندگاه دیگري، که آن را ایزابل نام داده بود، پیاده كرد پس از نظارت بر ساختمان شهر و تعمیر كشتیها، براي سیاحت كوبا حركت كرد. چون نتوانست آن را دور زند، معتقد شد که قاره آسیا همان است و شاید این شبه جزیره ماله باشد. به اندیشه آن افتاد که آن را دور زند تا، به این طریق، كره زمین را دور زده باشد؛ اما كشتیهایش براي چنین كاري مجهز نبودند. به هائیتي بازگشت (٢٩ اكتبر ١۴٩۴)، در حالي که نمی‌دانست ساكنان ماندگاههاي جدید چگونه سركرده‌اند. وقتي دریافت که اینان نیز چون پیشینیان رفتار كرده‌اند، سخت متحیر شد: اسپانیاییها به زنان بومیان تجاوز كرده، آذوقه هایشان را دزدیده، و پسر بچه‌ها را براي بردگي ربوده بودند؛ و بومیان نیز، بتلافي، بسیاري از اسپانیاییها را كشته بودند. مبلغان براي تعمید دادن و معتقد ساختن بومیان به مسیحیت، كوچكترین اقدامي نكرده بودند. یكي از كشیشان، همراه جاشویان ناراضي، با كشتي به اسپانیا بازگشته بود تا در باب ذخایر هائیتي گزارش یاس آوري به شاه و ملکه خود بدهد. اكنون، كریستوف كلمب خود به یك تاجر مبدل شده بود. وي هیئتهایي براي شكار برده به جزیره فرستاد هزار و پانصد برده اسیر گرفت، چهارصد تن را در اختیار ساكنان اروپایي آنجا گذاشت و پانصد تن را به اسپانیا فرستاد. دویست تن از اینها در راه مردند؛ بازماندگان را در سویل فروختند، اما بردهها چون نتوانستند خود را با آب و هواي سرد آنجا و یا وحشیگري تمدن سازگار سازند، در ظرف چند سال همه تلف شدند.
 كریستوف كلمب برادرش بارتولومه را با دستورهایي در مورد تغییر مكان دادن ساكنان از ماندگاه ایزابل به ماندگاه بهتري به نام سانتو دومینگو (تروخیو امروز) به جاي گذاشت و خود به سوي اسپانیا حركت كرد(١٠مارس ١۴٩۶) و پس از نود و سه روز سفر پر محنت به كادیث رسید. بردگان و قطعاتي از طلا را که آورده بود به حضور شاه و ملکه پیشكش كرد؛ گر چه زیاد نبود، اما آن اثر را داشت که شك و تردیدها را برطرف سازد؛ زیرا اخبار ناموثق اذهان درباریان را مشوش كرده بود و آنها ریختن آن همه پول را در اقیانوس اطلس كار خردمندان‌هاي نمی‌دانستند. دریاسالار از ماندن در خشكي ناراحت بود. شوري دریا با خون او در آمیخته بود.

تقاضا كرد که دست كم هشت كشتي براي سفري دیگر و آزمودن بخت به او بسپارند. شاه و ملکه رضایت دادند، و او در ماه مه ١۴٩٨ دوباره به دل دریا بادبان كشید . در سفر سوم، تا دهمین مدار عرضي به سمت مشرق راند و سپس از آنجا به جانب مغرب روان شد. در سي و یكم ژوئیه، جاشویان جزیره بزرگي را دیدند که در یاسالار پارسا نام آن را ترینیداد گذاشت؛ و در سي و یكم اوت به آمریكاي جنوبي رسید. بعد از سیاحت خلیج پاریا، به جانب شمال باختري راند، و در سي و یكم اوت به سانتودومینگو رسید. ساكنان این سومین مستعمره باقي مانده بودند، اما یك چهارم گروه پانصد نفري اسپانیایي، که در ١۴٩۶ به جاي گذاشته بود، از مرض سیفیلیس رنج می‌بردند و به دو دسته متخاصم تقسیم شده بودند که هر لحظه بیم جنگشان می‌رفت. كریستوف كلمب، براي آنکه آتش دشمني میان آنها را فرو نشاند، به هر یك قطعه زمیني بخشید و بومیان ساكن در آنها را نیز به آنها به بردگي داد، و این قانون مستعمرات اسپانیایي شد. سختي، نومیدي، نقرس، و درد چشم او را فرسوده بود و اینك این مشكلات نیز بیشتر درهمش می‌شكست. گاهي ابري تیره آسمان ذهنش را می‌پوشاند، عصباني، نزاع طلب، سختگیر، آزمند، و در تنبیهات و مجازاتهایش بیرحم شد؛ به این طریق، دست كم بسیاري از اسپانیاییها از اینکه زیر فرمان یك ایتالیایي باشند ناراضي بودند، و ادعاها داشتند. كریستوف كلمب دریافت که مسئله اداره مستعمرات با تربیت و خلق و خوي او سازگاري ندارد. در اكتبر ١۴٩٩ دو كشتي به اسپانیا گسیل داشت و از ایزابل و فردیناند درخواست نمود که یك نفر مامور شاهي، به دستیاري وي در امر حكومت، بدان جزیره بفرستند.
شهریاران سخن او را مدرك ساختند، فرانثیسكو د بوباذیلیا را گسیل داشتند، اما پا از حد تقاضاي دریا سالار فراتر نهادند و وي را بر همه چیز و همه كس، حتي كریستوف كلمب، اختیارات كامل دادند. بوباذیلیا، هنگامي که كریستوف كلمب در سفر دریا بود، به سانتودومینگو وارد شد و شكایت مردم را از طرز حكومت كریسوفورو و برادرانش، بارتولومه و دیگو، بر جزیره‌اي که اینك هیسپانیولا نامیده می‌شد شنید. هنگامي که كریستوف كلمب بازگشت، بوباذیلیا دستور داد وي را به زندان افكنند و در غل و زنجیر نهند. پس از تحقیقات بیشتر، سه برادر را در زنجیر به اسپانیا فرستاد (اول اكتبر ١۵٠٠) چون به كادیث رسیدند، كریستوف كلمب نامه تاثر انگیزي به دوستان درباري خود نوشت : 
از زماني که براي مبادرت به اكتشاف سرزمینهاي مغرب به خدمت این شاهزادگان در آماده‌ام هفده سال می‌گذرد. هشت تن از آنان مرا به گفتگو خواندند، و آنچه را بر آن بودم شوخي پنداشتند. با وجود این، من در این باب پافشاري كردم... و بر اثر آن، سرزمیني را که وسعتش از آنچه که در افریقا و اروپا قرار دارد بیشتر است و ١٧٠٠ جزیره، بلکه زیادتر، را به زیر سلطه آنها درآورده‌ام... این همه را، به خواست خداوند، در مدت هفت سال فتح كردم. در آن هنگام که امید پاداش داشتم و در آرزوي استراحت بودم، به ناحق زنداني گشتم و در زیر بار گران زنجیر بدینجا گسیلم داشتند.... براساس افتراهاي ساكنان، که سر به طغیان برداشته بودند و می‌خواستند همه چیز را به تصاحب خویش درآورند، مرا كینه توزانه متهم داشته‌اند  و در پایان عمر، بدون دلیل از افتخار و شرف و دارایي محروم داشتهاند كاري که نه با عدالت راست میآید و نه با شفقت، من از شما که مسیحیاني پاكدین و با حمیت و مورد اعتماد شاه و ملکه هستید، عاجزانه استدعا دارم که بذل توجه كنید.

فردیناند سرگرم تقسیم كردن پادشاهي ناپل با لویي دوازدهم بود؛ شش هفته گذشت تا فرمان آزاد كردن كریستوف كلمب و برادرانش را صادر كرد و آنها را به دربار فراخواند. شاه و ملکه در قصر الحمرا آنان را به حضور پذیرفتند، تسلاي خاطر دادند، و نعمت و عزت بخشیدند؛ اما دیگر مقام سابق را، در دنیاي جدید، بدانها محول نكردند. بنابر پیمان یا موافقتي که در ١۴٩٢ میان آنها بسته شده بود، شاه و ملکه وعده كرده بودند که كریستوف كلمب را فرمانرواي تمام سرزمینهایي که كشف می‌كند بسازند؛ اما اكنون وي را براي این كار مناسب نمی‌یافتند. دون نیكولاس د اوواندو را به فرمانروایي جزایر هند غربي نامزد كردند؛ اما دریاسالار را اجازه دادند که همچنان از دارایي و حقوق خود، و از طلاها و تجارت سانتو دومینگو برخوردار باشد. كریستوف كلمب، در باقي عمر، به صورت مردي توانگر زیست . اما وي بدینها راضي و خرسند نبود. با اصرار تمام از شاه و ملکه خواست که بار دیگر وي را اجازه سفر دهند. و آنها، با آنکه هنوز بدرستي نمی‌دانستند که از «تسلط بر جزایر هند غربي» نفعي عایدشان خواهد شد یا نه، خویشتن را آن اندازه مدیون او یافتند که بار دیگر ساز سفر او را فراهم كنند. در ٩ مه ١۵٠٢ ، كریستوف كلمب با چهار كشتي و صد و چهل سرنشین، از جمله برادرش بارتوموله و پسرش فردیناند، چهارمین سفر خود را از كادیث آغاز كرد. در ١۵ ژوئن به مارتینیك رسید؛ در ٢٩ ژوئن طوفاني را در هوا و عارضهاي را در مفاصل خود احساس كرد و در نقطه‌اي از ساحل هائیتي، نزدیك سانتودومینگو، پناه گرفت و لنگر انداخت. در بندر اصلي سي كشتي بادبان عزیمت بر كشیده بودند. كریستوف كلمب به فرماندار پیغام فرستاد و از طوفاني که در دل آسمان و دریا می‌جوشید آگاهش ساخت، و گفت که بهتر است در اعزام كشتیها اندكي درنگ روا دارد. اوواندو پیام تحذیر او را گوش نكرد و كشتیها را بیرون فرستاد. طوفان در رسید؛ كشتیهاي كریستوف كلمب اندكي آزار دیدند، اما همه ناوگان فرماندار، جز یكي، غرق شدند؛ جان پانصد تن، از جمله بوباذیلیا، از دست رفت و مقدار عظیمي طلا در كام دریا جاي گرفت.

اكنون كریستوف كلمب، بدون كوچكترین نگراني، دشوارترین قسمت سفر خویش را آغاز كرد. به جانب غرب راند تا به هندوراس رسید؛ و ساحل نیكاراگوئه و كاستاریكا را، به امید یافتن معبري براي دور زدن كره زمین، تفحص كرد. در ۵ دسامبر ١۵٠٢، طوفاني از باد و باران درگیر شد که قدرت دیوانه آساي آن را از نوشتههاي كریستوف كلمب بروشني می‌توان دریافت: 
نه روز تمام چون كسي بودم که از دست هرگز امواج را چنان سهمگین، و در یارا چنان خشمناك و پوشیده از مه ندیده بودم. باد نه تنها نمی‌گذاشت به پیش رویم، حتي فرصت آن را نمی‌داد که به خشكي نزدیك شویم و در كناري پناه گیریم. ناچار در آن اقیانوس خونین، که چون دیگي می‌جوشید و زیر و زبر می‌شد، باقي ماندیم. آسمان را هیچ گاه چنان وحشتناك ندیده بودم یك شب و یك روز چون كوره‌اي مشتعل بود. آذرخش با چنان شدتي فرو می‌افتاد که گمان می‌بردم هم اكنون دكلها و بادبان‌هایم را درهم می‌پیچد؛ برق با چنان خشم و وحشتي بر كشتیها می‌زد که گفتي آنها را متلاشي خواهد كرد. در تمام این مدت، آب از آسمان فرو می‌ریخت نمی‌گویم باران می‌بارید، زیرا براستي طوفان نوح دیگري برپا شده بود. مردانم چنان خسته و كوفته شده بودند که، براي رهایي از این مصایب، آرزوي مرگ می‌كردند.

گردبادي در نزدیكي كشتیها بر دل آب افتاد گویي براي افزون ساختن وحشت باد و باران و برق، و خطر نزدیك بودن تپه‌هاي زیر دریایي و آنگاه «آبفشاني گردان آب را تا سینه ابرها بالا برد.» كریستوف كلمب كتاب مقدس را بیرون آورد و از روي آن داستان مسیح را در هنگام آرام ساختن طوفان كفر ناحوم خواند، و سپس با شمشیرش در دل آسمان صلیب رسم كرد، و بدان وسیله ارواح خبیث را از میان ستون گردباد دریایي بیرون كرد، و شگفتا که گویند ستون آب فوراً فرو ریخت. پس از گذشت دوازده روز هراسناك، خشم آسمان و دریا فرو نشست و ناوگان كریستوف كلمب در نقطه‌اي نزدیك به انتهاي خاوري كانال پاناماي فعلي لنگر انداخت. در آنجا، با اندوه بسیار، عید میلاد مسیح سال ١۵٠٢ و روز اول سال ١۵٠٣ را جشن گرفتند، در حالي که نمی‌دانستند اقیانوس كبیر تنها ۶۴ كیلومتر از آنها فاصله دارد. مصایب و بدبختیهاي دیگري پیش آمدند، سیزده تن از ملاحان، که با قایق كشتي پرچمدار به جستجوي آب شیرین از دهانه رودي بالا رفته بودند، مورد حمله بومیان قرار گرفتند؛ همه، جز یك تن اسپانیایي، كشته شدند و قایق نابود شد. دو تا از كشتیهاي ناوگان چنان كرم خورده بودند که میبایست رهایشان كنند، و دو تاي دیگر، چنان ترکهایي برداشته بودند که شب و روز تلمبه هایشان، براي بیرون ریختن آب، در كار بودند؛ سرانجام كرمها ثابت كردند که قویتر از آدمیانند؛ ناچار كشتیها را بر كناره‌اي از سواحل جامائیكا به خشكي نشاندند (٢۵ ژوئن ١۵٠٣) در آنجا، ملاحان و جاشویان واژگونبخت یك سال و پنج روز باقي ماندند، آنان براي تامین غذایشان به دوستي ناپایدار بومیاني که خود به حد كافي براي خوردن نداشتند وابسته بودند. دیگومندث، که شجاعت آمیخته به آرامشش كریستوف كلمب را از اینکه یكباره در نومیدي غرق شود باز می‌داشت، داوطلب شد که با یك كرجي که از تنه خالي شده درخت بود همراه شش تن مسیحي و ده تن بومي، براي گرفتن كمك، به سانتودومینگو رود. مسافت سانتودومینگو تا آنجا ٧٣٢ كیلومتر بود، و ١٣٠ كیلومتر از این مسافت بكلي دور از ساحل بود. در طي این اقدام خطرناك، آبشان تمام شد و چند تن از بومیان مردند. مندث به مقصد رسید، ولي اوواندو نمی‌توانست تا مه ١۵٠۴ كشتی‌اي براي نجات دریاسالار بفرستد. در ماه فوریه، بومیان جامائیكا از غذاهایي که به ملوانان می‌دادند. چندان كاستند که نزدیك بود اسپانیاییها از گرسنگي تلف شوند. كریستوف كلمب سالنامه‌ي نجومي رگیومونتانوس را، که خسوفي را در ٢٩ فوریه پیش بیني كرده بود، همراه داشت. از این روي، روساي بومیان را فراخواند و آنان را آگاه ساخت که، چون از دادن غذاي كافي به مردان وي امتناع ورزیده‌اند، خداوند در خشم شد و بر آن است که ماه را از صفحه آسمان ناپدید كند. آنان سخن وي را به ریشخند گرفتند، اما چون خسوف حادث شد، با شتابي هر چه تمامتر غذا و خواروبار به كشتیها آوردند . كریستوف كلمب نیز آنها را مطمئن ساخت که به دادگاه خداوند دعا می‌كند تا ماه را دوباره نمایان سازد و خواهد گفت که بومیان از این به بعد مسیحیان را بخوبي خوراك خواهند داد؛ ماه دوباره در آسمان هویدا شد.

چهار ماه گذشت تا آنکه كمك رسید، و تازه كشتی‌اي که اوواندو فرستاده بود چندان شكاف و ترك پیدا كرده بود که فقط توانست خود را به سانتودومینگو باز رساند. كریستوف كلمب همراه برادر و پسرش با كشتي محكمتري، پس از یك سفر دراز و طوفاني، در هفتم نوامبر به اسپانیا رسیدند. شاه و ملکه از اینکه وي طلاي بیشتر و یا راهي که به اقیانوس هند رسد نیافته بود رنجیده خاطر شدند. نه فردیناند و نه ایزابل، که در آستانه مرگ بود، وقت نداشتند که دریاسالار سپید موي را، که سرانجام از دریا به خانه بازگشته بود، به حضور پذیرند. عشریه سهم او از عایدات هائیتي هنوز واصل می‌شد، از فقر ایمني داشت، آنچه وي را عذاب می‌داد نقرس بود، سرانجام هنگامي که فردیناند حاضر شد وي را به حضور طلبد، كریستوف كلمب که پیرتر از سنش ۵٨ سال بود بزحمت توانست رنج سفر دور و دراز به دربار را، تا سگوویا، بر خویشتن هموار سازد. تمام عناوین، حقوق، و عایداتي را که در ١۴٩٢ بدو وعده شده بود از شاه خواستار شد. فردیناند در خواسته‌هاي او اشكال نمود. و ملك پر درآمدي در كاستیل به او اعطا كرد. كریستف كلمب نپذیرفت؛ و همراه با دربار به سالامانكا و والادولید رفت، و در آنجا، فرسوده و دلشكسته، در بیستم ماه مه ١۵٠۶ درگذشت. هیچ كس چون او نقشه جهان را دگرگون نساخته بود.