کویر عقدا در موقعیت جغرافیایی N3236 تا N3257 و E5339 تا E5411 در استان یزد [البته بخش بزرگ از منطقه سیاه کوه در استان اصفهان قرار دارد.] واقع است. کویر عقدا در داخل فرو رفتگی نامنظمی در مجاورت کویرهای اردستان و زردین قرار گرفته است . حدود مجاور این کویر پوشیده از سنگهای آذرین و آهکی می باشد . مخروط افکنه های وسیعی در امتداد جنوب غربی بر روی سطح این کویر توسعه یافته اند . دو رودخانه اصلی آن از حد جنوب غربی کویر از انتهای شمالی و جنوبی وارد کویر می گردند . جریانهای سیلابی چندی نیز از سمت جنوب شرقی یزد به این کویر وارد میگردند. قسمت جنوبی این کویر در حد فاصل زمین‌های پف کرده و نمکزار باتلاق وجود دارد. بیشتر سطح صفحات رسی این کویر ناهموار بوده و حالت باد کرده دارند که منعکس کننده شوری زیاد و بالا بودن سطح آب زیر زمینی در این کویر است. به طور موضعی در امتداد بخش غربی این کویر حفره‌هایی دیده میشود که بر اثر افت سطح زمین بوجود آمدهاند. بعضی از این فرورفتگی‌ها بیضوی بوده و طول آنها تا یک متر میرسد. و دارای 60 سانتی متر عرض و 15 سانتی متر عمق می باشند. این کویر معمولا دارای بادهای نسبتا شدیدی میباشد. در اين منطقه نوسان دما در تابستان و زمستان و حتي در شب و روز زياد است. درجه حرارت هوا در طول سال، بين حداقل بيست درجه سانتيگراد زير صفر تا چهل و شش درجه سانتيگراد بالاي صفر در نوسان است. معمولاً سردترين ماه‌هاي سال در این منطقه کویری، دي و بهمن و گرم‌ترين آن تير است.

بخش شمالی این کویر حتی در ماه مرداد نیز مرطوب می باشد (گرمترین ماه سال) در صورتی که بخش جنوبی در اواخر ماه خرداد خشک می شود.ولی در اوایل ماه شهریور مجددا مرطوب می شود. صفحات اخیر که از نوع صفحات رسی خشک فصلی هستند و مساحت آنها در حدود 51% سطح کویر است و سطح ناهموار و باد کرده با اختلاف سطحی در حدود 6-10 سانتی متر دارند . این کویر شکلی شبیه به هلال ماه دارد که در قوس درونی هلال آن سیاه کوه با ارتفاع 2050 متر قرار گرفته است . این کویر از سمت جنوب به کوه نمک و گریگون , از غرب به بیابان های نایین و نو گنبد و از شمال به ارتفاعات انارک محدود است. میانگین ارتفاع این کویر از سطح آبهای آزاد در حدود 730 متر است.

پوشش گیاهی

در داخل کویر عقدا هیچ گونه پوشش گیاهی قابل مشاهده نیست. تنها در حاشیه کویر گیاهان هالوفیت و شور پسند همچون اشنان و گز قابل مشاهده هستند. در خارج از منطقه کویر در زمین‌هایی که شوری خاک کمی کاهش مییابد میتوان پوشش گیاهی شامل تاغ، گون، اسفناج وحشي، تره تيزك، كاكوتي، فرفيون، گل گندم، شقايق كوهي، انغوزه، زنبق صحرايي، مليكا، خارشتر، كلاه ميرحسن، كاروانكش، افدرا، اسكنبيل، تاغ، قيچ، پرند، گز، گل كتاني، بابونه اي، شب بوي صحرايي، تلخك، اسفند ، علف شور، كلپوره، شيرينک مشاهده کرد.

حیات وحش

به دلیل شوری خاک، ضعف پوشش گیاهی و نبود چشمه های آب شیرین در منطقه حیات وحشی برای این منطقه متصور نیست. اما در حاشیه منطقه حیات وحش منطقه شامل گرگ، شغال، روباه معمولی، کفتار، جبیر، هوبره،  بحری، دلیجه، کبک، تیهو، بلدرچین، عقاب دشتی، چاخ لق، کبوتر چاهی، یاکریم، شاه بوف، سبزه قبا هندی، دم جنبانک ابلق، سنگ چشم دم سرخ و گنجشک معمولی از جمله پرندگان این منطقه هستند. انواعی گوناگونی از رده خزندگان در این منطقه به چشم می‌خورد که شامل راسته لاک‌پشت‌ها و نیز خانواده آگاماها، سمندرها و اسکینکها است. از دیگر خانواده خزندگان می توان به بزمجه ها اشاره کرد.

دسترسی
مسیر اول: مسیر اردکان به احمدآباد و سپس جاده خاکی احمد آباد است که از کنار خط آهن می گذرد و به کویر سیاه کوه میرسد.

مسیر دوم: مسیر انارک به ایستکاه راه آهن نایین و سپس جاده خاکی کنار گذر خط آهن تا ایستگاه نو گنبد است.

مسیر سوم: مسیر خاکی انارک به اسماعیلان و سپس سیاه کوه است.
لازم به ذکر است که زمینهای اطراف این کویر بشدت باتلاقی می باشند.