با توجه به نقشِ مهمی که حکیم باشیانِ عصرِ صفوی، حتی در تصمیم‌گیری‌های سیاسی داشتند، می‌توان تصور کرد که علمِ پزشکی در این دوران جایی خاص داشته است. در موردِ پیشرفتِ امورِ پزشکیِ عصرِ صفوی باید اذعان داشت که کشفیاتِ چندانی در این عصر به چشم نمی‌خورد. روندِ علمِ پزشکی همان روندِ سنتیِ ادوارِ پیشینِ خود بوده است که به آهستگی مسیرِ خویش را می‌پیمود.
کتاب‌های مرسومِ پزشکی همان اثرِ مشهورِ قانون فی‌الطب ابن‌سینا و ذخیره‌ی خوارزمشاهیِ جرجانی بود که کماکان موردِ استفاده‌ی اطبا و دانشجویان قرار می‌گرفت. اما آگاه هستیم که کتاب‌های پزشکیِ دیگر مانندِ زبدة‌القوانین العلاج تألیفِ هبت‌الله سبزواری(ملقب به نجات الطبیب)و همچنین مرآت الصحت نوشته‌ی غیاث‌الدین سبزواری(پسرِ هبت‌الله)موردِ استفاده بوده است. هر دوی این کتاب‌ها در اواخرِ قرنِ نهمِ هجریِ قمری نوشته شده بود. کتابِ پزشکیِ دیگری نیز به نامِ خلاصة‌التجارب نوشته‌ی بهاء‌الدوله بوده که موردِ توجه قرار می‌گرفته است، اما بهاء‌الدوله نیز مربوط به عصرِ صفوی نبوده است و تاریخِ تألیفِ کتاب، ۹۰۶ هجریِ قمری است.
اولین کتابِ پزشکی که در عصرِ صفوی نوشته شد، دستورالعلاج تألیفِ سلطان علی خراسانی هروی است. بابِ اولِ این کتاب درباره‌ی دلایلِ بیماری و نبض است. باب‌های دوم و سوم درباره‌ی علایمِ موضعیِ بیماری و بیماری‌های عمومی و عفونی است. تاریخِ تألیفِ کتاب ۹۳۲ ق است و مؤلفِ آن را در زمانی که در سمرقند و در دستگاهِ شاهزادگانِ محلیِ آنجا به کار مشغول بود، نوشته است.(1)
گذشته از سلطان علی جنیدی که خود پزشکِ حاذق و نویسنده بود، پزشکانِ دیگری هم در عصرِ صفوی به شهرت رسیدند که البته برخی از آنان این شهرت را بیشتر مدیونِ موقعیتِ اجتماعیِ خود در دربار هستند تا تألیفات‌شان. عمادالدوله محمود بن مسعود کاشی(ملقب به رکن‌الدین) و پسرش محمد باقر هر دو از پزشکانِ معروفِ قرنِ دهمِ هجریِ قمری هستند. عمادالدین پزشکی را از پدرش مسعود کاشی که وی نیز شاگردِ صدرالدین علی پزشکِ طهماسب اول بود، آموخت. خانواده‌ی آنان اغلب پزشکی را برای فرزندانِ خود به ارث می‌گذاشتند و تحصیلِ آنان را در این رشته فراهم می‌کردند. علاوه بر پزشکانِ خصوصیِ دربار، اطبای دیگری هم در بیمارستان‌های عمومی برای درمانِ مردم وجود داشتند.
براساسِ گزارش‌های سفرنامه‌های اروپائیان از ایرانِ عصرِ صفوی، اطلاع داریم که بویژه در شهرهای بزرگ درمانگاه‌های خوبی وجود داشته است. در مشهد و در کنارِ مرقدِ مطهرِ امام رضا علیه‌السلام بیمارستانی برای درمانِ زوار و مستمندان وجود داشته است که در آنجا پزشکانِ معروفی مانندِ سید معزالدین اصفهانی (پس از کناره‌گیری از دربارِ طهماسب اول) به کار مشغول بوده‌اند. عمادالدینِ معروف نیز خود مدتی در اواخرِ عمر به‌عنوانِ پزشکِ آن بیمارستان در مشهد بود. از اواخرِ عصرِ صفوی از پزشکی به نامِ میرزا ابوطالبِ اصفهانی خبر داریم که وظایفِ پزشکیِ خود را در مشهد انجام می‌داده است.
از اصفهان رافائل دومان گزارش می‌دهد که دو بیمارستان در خدمتِ بیماران بود، اگرچه خودِ دومان به‌عنوانِ کشیش و پزشک هر دو انجام وظیفه می‌کرد.
در تبریز سه بیمارستان، در اردبیل یک بیمارستان، در قزوین یک بیمارستان به طبابتِ علی افضل قاطع، در یزد یک بیمارستان به طبابتِ قاضی بن کاشف‌الدین و در شیراز یک بیمارستان گزارش شده است.
همچنین از وجودِ کمال‌الدین حسین پزشک باخبریم، اما همه‌ی پزشکان نتوانستند موقعیتِ خویش را در دربارِ طهماسبِ صفوی را تا آخرِ عمر حفظ کنند و برخی سرانجام در مشهد به طبابت پرداختند و در اواسطِ قرنِ دهمِ قمری هم در آنجا درگذشتند. کتابِ کمال‌الدین حسین به نامِ رساله در تریاک (افیونیه) معروف است.
عمادالدین نیز در تشخیصِ بیماری و تألیفاتِ پزشکی شهرتی خاص دارد. وی موفق شد تا بیماریِ سفلیس را که تازگی در ایران شیوع یافته بود، مداوا کند و داروی جدیدی برای آن تجویز نماید. وی این بیماری را «آتشک» نامید و رساله‌ای نیز به نامِ رساله‌ی آتشک برای تشخیص و درمانِ آن نوشت.
عمادالدین کتابِ دیگری در موردِ داروسازی به نامِ ترکیباتِ شاهیه که ظاهراً به دستورِ طهماسبِ اول مشتمل بر بیست و پنج فصل شروع شد.