در سال ۱۸۵۸ داروین نامه تکان دهنده‌ای از زیست‌شناسی گمنام به نام «آلفرد والاس» دریافت کرد.
آلفرد والاس طبیعی‌دان ماجراجویی بود که در جوانی شرح خاطرات سفر داروین را خوانده و تحت تأثیر آن قرار گرفته بود، به نحوی که تصمیم گرفته بود که خود به یک سفر علمی برود
سفر او شش سال به طول انجامیده بود و او در طول این مدت نمونه‌های زیادی جمع‌آوری کرده بود، امّا متاسفانه در راه بازگشت از آمریکای جنوبی کشتی‌اش آتش گرفته و تمام نمونه‌ها در آتش سوخته بود.
والاس با تلاشی بسیار و پشتکاری کم نظیر سرانجام موفق به یافتن سرمایه‌گذاران جدیدی از میان گردانندگان موزه‌های طبیعی شد که حاضر شدند مقدمات یک سفر را برای او فراهم آورند.
سفر دوم والاس قرار بود دوازده سال طول بکشد، اما در سال چهارم والاس به بیماری مالاریا مبتلا گردید و در حالی که در چادر خود در تب می سوخت و با بیماری دست به گریبان بود، افکار پراکنده‌ای در مورد چگونگی فرگشت انسان در ذهن او چرخ می‌زد.
عجیب آن که در شبی از شب‌ها او نیز مقاله مالتوس را خوانده بود و ناگهان فرضیه «بقای اصلح» در ذهنش جرقه زده بود. درهمان کتاب والاس خلاصه‌ای از فرضیه خود را نوشته و به صورت نامه‌ای برای داروین ارسال کرده بود.
نامه والاس برای داروین کاملاً تکان دهنده بود.
نکاتی که والاس در نامه خود به آنها اشاره کرده بود بسیار نزدیک به آن چیزهایی بود که سال‌ها پیشتر به ذهن داروین خطور کرده بود. حتی واژه‌ها و عباراتی که والاس در نامه خود به کار برده بود همان واژه‌ها و عباراتی بود که داروین در تمام این سال‌ها در یادداشت‌های خود به کار می‌برد.
پس از نامه تکان دهنده‌ی والاس، داروین با کمک دوستان خود، نظریه والاس و خلاصه‌ای از یافته‌های خود را به صورت یک مقاله نوشت و به انجمن لینه ارائه کرد.
به این ترتیب مشکل تقدم در کشف مسأله تا حدودی حل می‌شد. والاس که هزاران کیلومتر دورتر در جزیره‌ای دورافتاده به سر می‌برد. چاره‌ای جز موافقت نداشت.
البته بعدها مشخص گردید که نظریات والاس تفاوت‌های اساسی و مهمی با نظریات داروین داشت، مثلاً والاس معتقد بود که برتری فکری انسان‌ها تنها با پدیده انتخاب طبیعی و بقای اصلح قابل توجیه نیست؛ در صورتی که داروین قوياً معتقد بود که فرگشت شامل تمام جنبه‌های موجودات زنده می‌شود.
این پیشامد باعث شد که داروین به سرعت به کار خود بر روی حلزون آرترویلانوس پایان بخشد و به تحریر و تکمیل نظریات خود در مورد فرگشت بپردازد.
این کار یک سال به طول انجامید و بالاخره در سال ۱۸۵۹ کتاب داروین با عنوان «منشا انواع یا خاستگاه گونه‌ها» منتشر گردید.
در این کتاب داروین ابتدا به موضوع اهلی کردن حیوانات و پرورش گیاهان توسط انسان اشاره می‌کند. واقعیت امر آن است که انسان در هنگام پرورش حیوانات و گیاهان مورد علاقه یا مورد استفاده‌ی خود، به طور خودآگاه یا ناخودآگاه به عمل انتخاب دست می‌زند؛ به این صورت که در طول تاریخ گونه‌هایی (از حیوانات و گیاهان) را که به نظرش سودمندتر یا زییاتر می‌آیند را انتخاب کرده، در حفظ آنها می‌کوشد و به تکثیر هر چه بیشتر آنها کمک می‌کند. این روند که از زمان های بسیار قدیم آغاز گردیده، به تدریج به ظهور نژادهایی از جانوران یا گیاهان انجامیده است که با اجداد دور خود یا منسوبین خود در دنیای وحش تفاوت بسیار دارند. پس از آن داروین به طرح مسأله «انتخاب» در طبیعت میپردازد. طبیعت نیز به طور مدام به انتخاب موجودات زنده میپردازد، اما معیار طبیعت برای انتخاب یک موجود زنده، بهتر و مناسب تر بودن آن در درون طبیعت است. پاداش موجود زنده‌ای که توسط طبیعت انتخاب می‌شود، آن است که اجازه بقاء می‌یابد. این همان چیزی است که داروین آن را «بقای اصلح» می‌نامد. تمام نسخه‌های چاپی اول کتاب «منشا انواع» (۱۲50 نسخه) در روز اول به فروش رفت. «منشا انواع» اولین کتاب علمی بزرگ بود که با استقبال شایان عموم مردم مواجه شد. نظریه «نسبیت» نیز که سال ها بعد توسط «آلبرت اینشتین» مطرح شد با استقبال فراوانی روبرو شد. اما فرق مهمی بین این دو نظریه وجود داشت و آن این که عموم مردم معترف بودند که از نظریه نسبیت سر در نمی‌آورند و در نتیجه تنها به ستایش آن بسنده می‌کردند. اما وضع در مورد نظریه فرگشت و منشأ انواع برعکس بود، یعنی اغلب مردم معتقد بودند که به خوبی این نظریه را درک می‌کنند و در نتیجه با اعتماد به نفس کامل به برداشت‌های متناقض و اغلب نادرست از آن می‌پرداختند.
کلیسا که از همان آغاز در مقابل هر نوآوری در این زمینه موضعگیری کرده بود، در این مورد هم با عموم مردم هم عقیده نبود و به شدت با این کشف جدید به مخالفت برخاست.
تا قبل از مطرح شدن نظریه داروین، عمر جهان بسیار کمتر از واقعیت تخمین زده می‌شد. در آن زمان چنین برآورد می‌شد که خلقت در ۴۰۰۴ سال قبل از میلاد مسیح صورت پذیرفته است. اما این مدت زمان به هیچ وجه برای تحقق فرگشت جانداران بر روی زمین کافی نبود. پدیده فرگشت و انتخاب طبیعی روندی بسیار کند داشت و برای آن که جانداران روی زمین بتوانند سیر فرگشتی خود را تا این نقطه طی کنند، لازم بود عمر جهان به بیش از یک میلیارد سال برسد.
زمین شناسان پیشرو آن زمان مانند «لایل» که به تغییرات تدریجی پوسته زمین معتقد بودند، قبلاً به این نتیجه رسیده بودند که عمر زمین باید در حدود صدها میلیون سال باشد. بنابراین برای این گروه از دانشمندان پذیرفتن این مسأله که عمر زمین بیش از یک میلیارد سال باشد، کار چندان دشواری نبود ولى گروهی دیگر از دانشمندان در مقابل این تخمین تازه مقاومت می‌کردند.