در سال ۱۸3۹ داروین با دختر دایی خود «اما وجوود» ازدواج کرد. شاید بتوان گفت که «اما» برای داروین همسر دلخواهی به شمار می‌رفت. داروین انتظار زیادی از همسر خود نداشت. اما نیز توقعات محدودی داشت.
به این ترتیب اما می‌توانست محیطی آرام برای ادامه تحقیقات و مطالعات داروین فراهم آورد. چند ماه پس از ازدواج، داروین خاطرات سفر خود را در کشتی بیگل منتشر ساخت که مورد استقبال قابل توجهی قرار گرفت، زیرا وصف ماجراهایی بود که در مناطق عجیب و ناشناخته به وقوع پیوسته بود.
داروین در این کتاب از پرداختن به موضوعات بیش از حد علمی در رابطه با زیست‌شناسی و زمین‌شناسی خودداری کرده بود و همین مسئله بر تعداد مخاطبان آن می‌افزود کتاب خاطرات داروین برای وی محبوبیت و آشنایی‌های تازه به همراہ آورد.
اما زندگی در لندن مناسب حال داروین نبود.
داروین از هنگامی که از سفر بازگشته بود مریض احوال بود و از ضعف، اختلالات گوارشی و تهوع رنج می‌برد. البته بخشی از بیماری داروین منشاء روانی داشت.
توجهات بیش از اندازه‌ای که در زمان کودکی در غیاب مادر به وی می‌شد و سلطه شدید پدر، زمینه آشفتگی‌های روانی را برای او فراهم کرده بود.
اما داروین بدون آن که از ابتدا قصد و هدف مشخصی در زندگی خود داشته باشد، به طور ناخودآگاه از تلاش برای رسیدن به اهدافی که پدرش برای زندگی وی در نظر گرفته بود، خودداری کرده بود و با وضعیتی که برای خویش به وجود آورده بود، بالاخره پدر سرسخت خود را به این نتیجه رسانده بود که بهتر است دست از سر پسر خود بردارد، آخر بسیار بعید به نظر می‌رسید که فرزند بی‌دین و خدانشناس وی در کلیسا به موفقیتی نائل آید!
با وجود آن که بخشی از بیماری داروین جنبه روان-تنی داشت، نمی‌توان تمام ناراحتی‌های جسمی او را ناشی از روان او دانست.
هنگامی که وی در آرژانتین در حال جمع‌آوری نمونه بود، توسط «ساس سیاه» آن منطقه گزیده شده بود. این حشره امروزه به عنوان ناقل بیماری « شاگاس» شناخته شده است.
علائم بیماری شاگاس تا حدود زیادی با ناراحتی‌هایی که داروین تا آخر عمر از آن رنج می‌برد مطابقت دارد. در سال ۱۸۴۲ داروین به خاطر وضعیت سلامتی خود به همراه همسرش به خانه‌ای در خارج از لندن نقل مکان کرد. در این زمان داروین سی و سه سال داشت. در همین سال داروین سرانجام احساس کرد که قادر است تفکرات خود را در رابطه با «فرگشت از طریق انتخاب طبیعی» جمع‌بندی کند.
یک سال بعد او نتایج جمع بندی خود را به صورت جامع برای دوست خود ظاهراً فردی که شجاعانه ترین نظریه را در طول تاریخ علم پی ریزی کرده بود آنقدر شجاع نبود که آن را علنی سازد!
به این ترتیب داروین سال ها نظریاتش را نزد خود نگاہ داشت.
در سال ۱۸۴۴ کتابی بدون نام منتشر کرد که بیان می‌داشت شواهد به دست آمده از فسیل‌ها نشان می‌دهد که موجودات زنده از زمان خلقت تا به امروزتغییر کرده و فرگشت یافته‌اند.