در سن بیست و هشت سالگی داروین گویی به ناگاه قوه خلاقه خود را باز شناخت. البته نظریات داروین به هیچ وجه یک کشف ناگهانی نبود بلکه حاصل یادداشت‌هایی بود که داروین در طول سه سال پس از بازگشت کشتی بیگل در دفترچه خود می‌نگاشت. بامطالعه این یادداشت‌ها می‌توان سیر پیشرفت نظریه فرگشت را تا مرحله تکوین دنبال نمود. با وجود این لحظاتی نیز وجود داشت که حقایقی به ناگاه بر وی آشکار می‌گردید. یکی از این موارد در اکتبر 1838 هنگامی روی داد که داروین در حال مطالعه نوشته‌ای از توماس مالتوس در رابطه با جمعیت بود.
مالتوس روحانی و جامعه شناسی پیشرویی بود که مطابق با گفته انجیل بر این عقیده بود که فقر هیچ‌گاه از میان نخواهد رفت برای تقسیر این عبارت، مالتوس دست به استدلال جالبی زده بود. از نظر او علت این امر آن است که افزایش جمعیت به شکل یک تصاعد هندسی است، در صورتی که افزایش ابزار تولید به شکل یک تصاعد حسابی است. در نتیجه سرعت رشد جمعیت همواره بیشتر از سرعت رشد ابزار و امکانات تولید است به این ترتیب جمعیت مرتباً زیاد می‌شود، تا جایی که توسط بیماری، گرسنگی، جنگ، صاعقه و پدیده‌هایی از این قبیل مهار گردد.
در اینجا بود که ناگهان فکری به نظر داروین رسید.
به نظر می‌رسید که تحت این شرایط سخت، افراد نیرومندتر و مناسب‌تر یک گونه امکان ادامه حیات می‌یابند و افراد ضعیف‌تر که سازگاری کمتری با محیط زندگی خود دارند، از بین می‌روند. در نتیجه به تدریج گونه‌ای جدید با ویژگی‌های برتر به وجود خواهد آمد.
بالاخره داروین به فرضیه‌ای دست یافته بود که به نظر منطقی می‌رسید. او به نکته بسیار مهمی پی‌برده بود و آن «تنازع برای بقاع» بود.
در آن زمان تنازع بقاء بین جانداران پدیده‌ای شناخته شده بود و آنچه داروین به تازگی کشف کرده بود تنازع بقاع بین افراد یک گونه بود. (البته این نیز درمیان اقتدار فقیر جوامع در طول تاریخ پدیدهایی کاملًا ملموس بوده است.)
افراد یک گونه برای زیستن با هم رقابت می‌کردند و در این رقابت افرادی که ویژگی‌ها و صفات برتر داشتند پیروز می‌شدند. افراد پیروز در مقایسه با افراد مغلوب امکان بیشتری برای بقاء و تولید مثل می‌یافتند. این افراد صفات خود را به فرزندان خود منتقل می‌ساختند. اما افراد مغلوب که امکان کمتری برای بقاء و تولید مثل داشتند به تدریج از صحنه طبیعت حذف می‌شدند.
همان طور که قبلا گفتیم سال‌ها پیش از آن لامارک مفهوم فرگشت را مطرحذساخته بود. اما وی براین عقیده بود که نحوه عمل فرگشت به صورت نردبانی است که موجودات زنده به طور غریزی مایلند از آن بالا بروند.
لامارک معتقد بود که تغییرات تدریجی موجودات زنده ناشی از تمایلات درونی آنها برای صعود از این نردبان می‌باشد. ولی اکنون که داروین به توضیح منطقی‌تری از فرگشت دست یافته بود، دیگر نمی‌توانست نظریات لامارک را به طور کامل بپذیرد.
داروین به این واقعیت مهم دست یافته بود که «فرگشت» ناشی از یک نیروی مرموز در درون جانداران نیست، بلکه جریانی است که توسط عوامل انتخاب‌گر در درون طبیعت هدایت می‌شود پس در واقع این داروین نبود که پدیده فرگشت را کشف کرد، بلکه کار بزرگ داروین بازگشایی این راز بود که فرگشت چگونه به وقوع می‌پیوندد.
مدتی بعد استاد قدیمی داروین یعنی پروفسور گرانت به دلیل تفکرات لامارکی خود در مقابل انجمن زمین شناسی انگلستان به سختی مورد مؤاخذه قرار گرفت. در آن زمان برای معتقدان سرسخت نظریه کلاسیک خلقت، حتی تصور این که پیدایش موجودات زنده با حقایق علمی قابل توضیح باشد غیرقابل تحمل بود. از نظر ایشان این آخرین سنگر در مقابله با کفر و بی‌دینی بود. از نظر آن ها انسان و موجودات زنده دیگر هریک برای زیستن در محیط زندگی خود به طرزی کاملا مناسب و بی نقص آفریده شده بودند. در نظریه کلاسیک خلقت، این مسأله شرط لازم و کافی برای وجود خدا به شمار می‌رفت در صورتی که از نظر داروین موجودات زنده با کمال حقیقی فاصله بسیار داشتند و هیچ کدام از آنها با محیط زندگی خود کاملاً تطبیق نیافته بود به همین دلیل بود که همه موجودات زنده درگیر رقابتی بی‌وقفه برای ادامه حیات بودند و در جریان این نزاع تمام نشدنی بود که گونه‌های جدید جانداران پا به عرصه وجود می‌گذاشتند.