آلفیری (محقق ایتالیایی)، نکاتی در مورد یک نقش مدور تزئینی (مدالیون) که از قطری حدود ۲۱ سانتی‌متر برخوردار است، ارائه کرد. وی با منتشر کردن تصویر این نمونه‌ی تزئینی، بیان کرد که جایگاه آن در دیوار قبله و در ارتفاعی برابر با ۱.۶۵ متر از سطح زمین بوده است. به نظر می‌رسد که طرح فوق از ۶ دایره قرمز متحد المرکز (متداخل) که بر گچ حک شده، تشکیل شده است. گروهی از باستان‌شناسان با استفاده از تزئینات انجام شده بر درهای گچبری شده‌ی قرمز رنگ، و برخی دیگر از طرح‌های صورت گرفته در مسجد جامع فهرج، معتقدند که تمامی آنها در هنگام ساخت مسجد یا در فاصله‌ی کمی پس از احداث مسجد، اجرا شده‌اند؛ سندی که می‌تواند اطلاعات مفید و قابل توجهی را در مورد تزئینات رنگی ابتدایی، در اختیار باستان‌شناسان و کارشناسان معماری قرار دهد. در واقع تا پیش از کشف این تزئینات، مورخان و کارشناسان بناهای تاریخی، قدمت استفاده از نقاشی روی گچ را به عمارات احداث شده در قرن اول و اواسط قرن چهارم هجری به بعد، برآورد می‌کردند. همچنین عدم حضور کتیبه در مسجد جامع فهرج یزد، از دلایل ساخت آن در دورانی پیش از قرن چهارم هجری خواهد بود؛ چراکه پس از قرن چهارم هجری، ساخت و نصب کتیبه برای مساجد به امری رایج و متداول تبدیل شد. همچنین استفاده از آجرهای خشتی در ابعاد بزرگ، در عمارات ساخته شده در دوران ابتدایی اسلام رایج بوده است که از این نوع آجرها نیز در احداث مسجد جامع فهرج، استفاده شده است. وجود تزئینات گچی دوره ساسانی در این مسجد یکی دیگر از دلایل ساخت مسجد به دوران قرن اول هجری است.
معماری مسجد فهرج یزد
در نگاه نخست، مسجد جامع فهرج یزد به دلیل عدم حضور گنبد، کاشی‌کاری‌های تزئینی و کتیبه‌های قرار گرفته بر در و دیوار اکثر مساجد باقیمانده از ایران کهن، شباهتی به مسجد نداشته باشد. ولی سادگی و بی‌آلایشی این بنای تاریخی جلایی ستودنی بر روح و جان آدمی به یادگار خواهد گذاشت که تا مدت‌ها عطر خاطرش در ذهن و تصور باقی خواهد ماند. معمار و طراح مسجد جامع فهرج یزد، طرح اولیه و اصلی این عمارت را به صورت شبستان و رواقی که حیاط مرکزی را در خود احاطه کرده، در نظر گرفته است نقشه مسجد فهرج بسیار ساده‌تر از مسجد تاریخانه دامغان بوده و شبستانی با سه دهانه دارد که دهانهی میانی بزرگتر از دو دهانهی چپ و راست آن است. قوس‌ها همه بیضی شکل بوده و کاملاً شبیه به معماری ساسانی آرایه‌های گچبری شکنجی و پیچک‌های آن همانند کاخ کسری در تیسفون است. شبستان مذکور از عمقی برابر با دو دهانه فرش‌انداز و رواق نیز از عمقی حدود یک دهانه برخوردار است. از نکاتی که می‌توان در مورد معماری انجام شده در شبستان مسجد نام برد، وجود قوس کم‌خیز تیزه‌دار بر بالای هر دهانهی شبستان است که پاکار آن از سطح جرزهای طرفین، به میزان کمی، داخل آمده است. همچنین سازندگان این بنای کهن، عرض دهانهی مرکزی شبستان را با اندکی اختلاف از نظر پهنا (دو دهانهی کناری آن، از عرض کم‌تری برخوردارند)، احداث کرده‌اند. درواقع می‌توان این امر را از نکات و ویژگی‌‌های بارز معماری در ساخت مساجد ایرانی و دوران اولیه‌ی اسلام درنظر گرفت که دهانهی مرکزی را در جهت قبله و به دلیل حضور محراب، با وسعت بیشتری نسبت به دیگر دهانه‌ها، طراحی می‌کردند. سازندگان این مسجد کهن، دو محراب برای این بنای تاریخی در نظر گرفتند. اولین محراب (محراب اصلی)، با استفاده از گچ، عرضی برابر با ۲.۳۲ متر و ارتفاعی حدود ۳.۲۴ متر را در انتهای دهانهی مرکزی شبستان و دومین محراب نیز که کوچکتر ساخته شده است، با فاصله‌ای بسیار کم و در بخش غربی محراب اصلی تعبیه کرده‌اند.
در شبستان مسجد، ستون‌های مستطیل شکلی قرار دارد که قسمت‌های زاویه‌دار تمامی‌آن‌ها (هرچهار گوشه‌ی ستون‌ها)، به صورت تزئینی از ستون‌های کوچک کار شده است. شاید همین امر است که برخی از معماران و باستان‌شناسان را در صحت ساخت این مسجد ارزشمند، در قرن اول و دوم هجری قمری، دچار تردید ساخته است؛ چراکه در دوران ذکر شده، تمامی ستون‌های تعبیه شده در مساجد به صورت ساده و فاقد تزئینات پیشرفته در نظر گرفته می‌شدند. درواقع می‌توان مشابه آنها را در دو مسجد احمدابن طولون (سال ۲۶۳-۲۶۵ هجری) و حکیم (۳۸۰-۴۰۳ هجری) که در شهر قاهره قرار دارند، مشاهده کرد. البته قابل بیان است که معماری مساجد ایران هم در امتداد معماری دوران قبل از اسلام ایران بوده و اسلام سبک جدیدی را در معماری ایران نیاورده بلکه به عنوان نیایشگاهی تعریف شده در دین الگوهای خاصی را داشته که معماران ایرانی سعی بر در نظر گرفتن آن بخش‌ها درطراحی آن مساجد بوده‌اند توانمندی‌های معماران ایرانی در اجرای پوشش‌ها و تزئينات آنها و یا سایر ساختار معماری برخواسته از بینش آنها در علوم ساختمان بوده وچندان ارتباطی به معماری سایر ممالک نداشته است. بنابراین این که در سایر کشورها سبکی خاص در معماری مساجد بکار برده شده است، نمی‌تواند شباهت آنها به یکدیگر هم دوره بودن آنها را رقم بزند. تنها چیزی که در معماری مساجد در قرون اول هجری در ایران در نظر گرفته شده، سادگی فضای معماری مساجد بوده که با الگویی از معماری پیامبر در مدینه بوده است. در عصر حاضر نیز می‌توان نمونه‌هایی از این نوع ستون‌ها در مساجدی همچون مسجد جامع میبد و مسجد کوشک فردوس خراسان یافت.
همچنین روی اسپر پایین طاق، پنجره‌ای به شکل مستطیل و داخل قابی که به صورت چند‌پره تزئین شده است، روبروی محراب مسجد به چشم می‌خورد. علاوه بر شبستان ذکر شده می‌توان آثار باقیمانده از شبستان دیگری را که به شکل مستطیل و در بخش جنوب غربی مسجد ساخته شده است، یافت. به نظر می‌رسد که معمار و سازندگان این اثر باشکوه ایرانی، آن را جهت استفاده در زمستان تاسیس کرده‌اند. معماران و باستان‌شناسان بر این باورند که این شبستان به دلیل قرار گرفتن در بیرون از محوطه‌ی مسجد اولی، تفاوت در سبک پوشش نسبت به شبستان اصلی و همچنین ابعاد خشت‌های به کار گرفته شده در ساخت، نشان‌دهنده‌ی اضافه شدن آن در مدت زمانی پس از تاسیس مسجد است. هرچند تا کنون هیچ تاریخ دقیقی در مورد ساخت آن از طرف مورخان و باستان‌شناسان ارائه نشده است، اما بر اساس یکسان بودن اندازه و ابعاد آجرهای خشتی که در احداث این شبستان و مناره‌ی مسجد مورد استفاده قرار گرفته شده است، می‌توان فرضیه‌ی ساخت همزمان مناره و شبستان مذکور را درست تلقی کرد.
از مهم‌ترین قسمت مسجد اعظم فهرج یزد، می‌توان به شبستان اشاره کرد که از ارتفاعی بیشتر نسبت به سایر بخش‌های آن، برخوردار است. همچنین به دلیل عریض‌تر بودن قسمت شمالی حیاط در مقایسه با بخش جنوبی، نمی‌توان آن را به صورت مربعی کامل و یکدست در نظر گرفت. معمار این اثر تاریخی، برای پوشاندن این بخش عریض که داشتن ارتفاعی کم‌تر نسبت به شبستان از ملزومات طراحی صحیح آن به شمار می‌آید، ۴ دهانهی رواق را طراحی و احداث کرده است. درون حیاط مسجد، شبستان از نمایی با ۳ قوس تیزه‌دار ساخته شده است که دهانهی مرکزی از ۲ دهانهی اطراف خود، از عرضی بیشتر برخوردار است. روبروی شبستان نیز یک رواق، متشکل از ۴ دهانهی پوشیده شده توسط طاق‌های گنبدی شکل، حضور دارد. از دیگر نکات این بخش از مسجد، عدم تقارن این ۴ دهانه از لحاظ تعداد و شکل با ۳ دهانهی دیگر که روبروی آنها قرار گرفته‌اند، است. البته برخی از معماران و کارشناسان آثار تاریخی، این ناهماهنگی را از ملزومات طراحی و معماری صورت گرفته در ساخت این مسجد می‌دانند. جالب است بدانید که شبستان مسجد و دو بخش شرقی و غربی آن که در امتداد رواق قرار دارند، توسط طاق‌هایی گهواره‌ای شکل، مستور شده‌اند. سقفی از نیم‌گنبدهایی که طراحان و سازندگان هنرمند و خوش‌ذوق ایران کهن، آنها را با گوشه‌سازی‌های بیضی شکل کوچک تزئین کرده‌اند، رواق شمالی را دربر گرفته است.قوسهای بالای درگاه ها دارای همانند درگاههای ساسانی دارای هویه هسنتد و پاکار آنها کمی از جرزهای درگاه پس نشسته است. طرح‌های شکنجی اطراف قوس‌ها بعدها در معماری آندلس بکار رفته است.
ورودی مسدود شده‌ی مسجد فهرج
این مسجد دارای ۳ ورودی مجزا است که یکی از آنها (ورودی فعلی مسجد) در بخش جنوب غربی عمارت و دو ورودی دیگر (در حال حاضر یکی از این ورودی‌ها مسدود است) در قسمت شرقی مسجد قرار گرفته است. از دیگر نکات جالب توجه در مورد معماری مسجد جامع فهرج یزد، بهره‌مندی از سبک و روش استفاده شده در ساخت و طراحی مساجد عربی است که در آن دوران مرسوم و رایج بوده است. این در حالی است که آجرهای خشتی از ابعادی بزرگ برخوردار بوده است. همچنین گوشه‌سازی‌ها به صورت بیضی و حضور طاق‌های گهواره‌ای نیز مورد استفاده قرار می‌گرفته است که همگی از سبک معماری رایج در حکومت ساسانیان و دوران ابتدایی ظهور اسلام، حکایت می‌کند.
ورودی دیگر مسجد فهرج یزد
در بخش شمالی حیاط مسجد، در نمای رواق، حضور ۳ طرح که به صورت شیارهای عمودی و با قوس تیزه‌دار بر فراز هرکدام طراحی شده است، مشاهده می‌شود. در قسمت شرقی عمارت، زیر رواق نیز آثاری از ۳ طرح تزئینی که به صورت در ورودی که از عرضی برابر با ۱.۷۹ متر و ارتفاعی بالغ بر ۲.۴۸ متر برخوردارند، به چشم می‌خورد. هرچند این درها به شدت تخریب و آسیب جدی را متحمل شدند، با وجود این، گچبری قرمز رنگ روی یکی از درها وجود دارد.
طرح‌های دیگری مانند سه طرح گچبری که معماران روش اجرای آنها را یکسان می‌پندارند، در مسجد فهرج یزد دیده می‌شود. این طرح‌ها عبارتند از طرحی که به صورت تابیدن نور روی سطح خارجی قوس جناغی محراب کوچک اجرا شده است؛ قوس چند‌پره (این قوس‌ها را می‌توان در آثار برجای‌مانده‌ی بناهایی همچون طاق کسری، سردر مسجد جورجیر اصفهان، مسجد جامع قدیم مهرآباد ابرکوه و در نمای ورودی مجموعه‌ی اخیدر عراق مشاهده کرد) بر فراز محراب اصلی که همانند آن را زیر طاق روی دیوار قسمت جنوبی شبستان می‌توان دید و طرحی که به صورت پله‌ای (این طرح از الگویی ایرانی پیروی کرده که در عمارات قبل از اسلام مانند تخت جمشید به صورت نمای تزئینی بیرون ساختمان، اجرا شده است) روی آخرین دیوار رواق و در بخش شمال غربی مسجد، مورد استفاده قرار گرفته است.
مناره‌ی مسجد فهرج یزد
مناره‌ای استوانه‌ای شکل در بخش شمال غربی بنا احداث شده است که چندین اتاق در مجاورت آن به چشم می‌خورد. معمار بنای تاریخی مسجد جامع فهرج یزد، با استفاده از آجرهای خشتی آن را ساخته و تعدادی پله به صورت مارپیچ، برای مناره تعبیه کرده است. پس از طی کردن پلکان مارپیچ، بلافاصله می‌توان وارد رواق مسجد شد. البته در مورد قدمت ساخت این مناره نظریات متعددی به ثبت رسیده است که می‌توان به اظهارات مرحوم پیرنیا که آن را الحاقی و متعلق به قرن چهارم یا پنجم هجری دانسته و همچنین مهرداد شکوهی که وی نیز قدمت مناره را به قرن چهارم هجری نسبت می‌دهد، اشاره کرد. برخی از معماران معتقدند که اتاق‌های احداث شده در کنار مناره، روی اتاق‌هایی که پیش‌تر وجود داشته‌اند، ساخته شده است. هرچند هنوز نوع کاربری آنها مشخص نیست.