در 1891میلادی یک روزنامه‌ی عـربی و انـگلیسی موسوم به«ضیاء الخافقین» با کمک بعضی اشخاص در لندن منشر کرده و در هر شماره از این روزنامه وی در خصوص اوضاع ممالک اسلامی یک مقاله می‌نوشت. مقاله‌ی شـمارهء اوّل راجـع بـه خرابی اوضاع ایران بود و در شماره‌ی 2 خطاب به همه‌ی علمای بزرگ ایران که به اسم آنها اشاره شده بود، آنها را به خلع ناصر الدّین شاه تحریک کرده بود منتـشر کـرد. دولت انـگلیس به وسایل عجیبی برای تعطیل این روزنامه متوسّل شد و بالأخره وزارت خارجهی انـگلیس به چاپخانه که حروف عربی داشت و جریده سید را چاپ می‌کردگفت که اگر روزنامه‌ی «ضیاء الخافقین»را چاپ کـند دولت انگلیس سـفارش‌های خود را که مبلغ زیادی در سال می‌شد را از آن چاپخانه قطع خواهد کرد و به چاپخانه‌ی دیگری خـواهد داد. بـا این تـهدید روزنامه خوابید و سیّد ظاهراً در تابستان1271خورشیدی/1892 میلادی به دعوت سلطان عثمانی به استانبول رفت (سیّد در اواسط یا اواخر سال 1892 میلادی در لندن دیده شده (در صورت صحّت تاریخ) که معلوم می شود سیّد تـا اواسـط سـال 1310 هجری هنوز در لندن بوده است ولی از آنطرف می‌دانیم که وی در ماه شوّال از سال مزبور و پیـش از آن نیز در استانبول بوده است و بلنت ویرا در آن سال دیده و حکایتی از پذیرائی او پیش سلطان در عید فطرمی‌کند.) و سـلطان کـه در خـیال اتّحاد اسلام تلاش می‌کرد به امید استفاده از فعالیّت سیّد و نفوذ او در ممالک اسلامی او را در جوار خود جایگاه داده و خانه‌ای در نـشان طـاش(در استانبول) نزدیک به قصر سلطانی داده و 75 لیره‌ی عثمانی ماهانه (به روایت استنطاقنامه میرزا رضـا کـرمانی کشنده ناصرالدین شاه مبلغ ماهانه 200 لیره بود.) برای او مقرر کرد. در اوایل امر پیش سلطان عبد الحـمید خـیلی مـقرّب و محترم بود (تفصیلات شنیدنی از مذاکرات محرمانه سید با سلطان و تقرّبش در پیش وی در ضـمن استنطاق میرزا رضا کرمانی آمده) و وقتیکه بلنت او را در اوایل تابستان 1272خ/1893م در استانبول دید وی در«مسافر خانه» یعنی مهمانخانه‌ی سـلطان بـوده و بسیار به بسلطان تقرب داشت بعدها سایر مفتی‌ها، مرشدها و دراویش لاشخور دربار سلطان کـه کـارشان فال‌گیری و رؤیـا دیدن و غیب‌گوئی بود و اطراف سلطان عبدالحمید از آنها پر بود و بویژه ابوالهدی معروف به دسایس در پیـش سـلطان از قدر سیّد کاستند.
پس از بیشتر از چهار سـال مرکز امپراطوری در حال زوال عثمانی حالت سیّد جمال الدّین سخت شد چون پس از قـتل نـاصر الدّین شاه در ۱۲ اردیبهشت ۱۲۷۵خ (1 می 1896م برابر با 18 ذی القعده 1313ه) به دست میرزا رضا کرمانی که از مریدان شیفته‌ی سیّد بود و اقرار او بـر ارتباط با سیّد که گفته بود با شیخ ابوالقاسم روحی به دستور سید جمال الدین و حوزه اتحاد اسلام استانبول، به قصد کشتن ناصرالدین شاه حرکت آمده‌اند.(نبوی رضوی, سید مقداد. «فروزندگان مشعل مشروطیت». در تاریخ مکتوم. تهران: پردیس دانش, 1393. 333)، دولت ایران سـیّد را بـا اصرار از دولت عثمانی مـطالبه کـرد و سلطان عبدالحمید با وجود اصرار ایران ایـن مـطالبه را ردّ کرده و سیّد را تسلیم نکرد. اما مستمری او را قطع کردند در حالی که در فقر زندگی می‌کرد در اواخر پاییز سال 1275 خورشیدی/ 1896 میلادی به سرطان فک مبتلا شد و سرانجام پس از عمل جراحی ناموفق در 19 اسفند 1275 خورشیدی برابر ۹ مارس ۱۸۹۷ میلادی و 5 شوال 1314 هجری قمری درگذشت. جنازهء او را با یـک شـکوه و احترام بزرگی در قبرستان«شیخ لر مزارلقی» نزدیک خـانه‌اش بـه خاک سپردند. علاوه بر این روایت شماری از پژوهشگران و برخی از یاران سید هم عقیده دارند که سید توسط عوامل سلطنت قاجاری و در تلافی ضدیت با نظام قاجار و قتل ناصر الدین شاه و یا به تحریک قاجاری و به دست عوامل عثمانی و بدخواهانش در آنجا مسموم شده و به قتل رسیده‌است.
بنا به درخواست دولت افغانستان مبنی بر انتقال کالبد او، این درخواست از سوی دولت عثمانی مورد قبول واقع شد و درسال ۱۲۸۴ پیکر سید جمال‌الدین از استانبول به کابل منتقل شد و در دانشگاه کابل دفن گردید که با دفن تابوت او در این محل، نام دارالفنون به آنجا گذاشته شد و در زمان سلطنت محمدظاهرشاه درسال ۱۳۱۱ سازه بلندی از سنگ آبنوس سیاه بالای آن ایجاد گردید.