از ورود اسلام تا صفویان
زمان ورود اسلام به این ناحیه، اغلب مردم بحرین مانند سایر ایرانیان، زرتشتی و اقلیتی نیز یهودی و مسیحی بودند. اگرچه از این زمان تا زمان شاهنشاهی سلاطین ایرانی آل‌بویه، حکومت بحرین در دست خلفای بنی‌امیه و عباسیان و مدتی نیز قرامطه (تحت فرمان فاطمیون مصر)بود، اما ایران همیشه در این منطقه دارای نفوذ معنوی و فرهنگی بود و تجارت و صنعت آن نیز همواره در دست ایرانیان بود. در دوران آل‌بویه جنگ و خونریزی بین خوارج عرب و امرای ایرانی در این جزایر حکمفرما بود. بحرین در این دوران گاه در دست امرای ایرانی بود و گاه به‌دست متجاوزان عرب می‌افتاد. در دوران سلجوقیان و پس از آن نیز این جزایر همچنان در دست ایرانیان بود. پس از حمله مغول، حکام جزیره هرمز که ایرانی بودند همچنان بحرین را در اختیار داشتند. در دوره اتابکان فارس و همچنین آل‌مظفر و تیموریان، بحرین بخشی جدانشدنی از سرزمین ایران محسوب می‌شد.
حضور استعمار پیر انگلیس در خلیج‌فارس و ایجاد زمینه‌های جدایی بحرین
در اوایل قرن شانزده میلادی با هجوم استعمار پرتغال به منطقه اقیانوس هند و خلیج‌فارس (1506میلادی)، بسیاری از نقاط استراتژیک منطقه، از جمله جزیره هرمز و مجمع‌الجزایر بحرین نیز در 1522میلادی به تصرف و اشغال استعمارگران درآمد. پس از گذشت حدود یک قرن شاه‌عباس در سال 1602 با لشکرکشی به بحرین آنجا را از تصرف اشغالگران خارجی آزاد کرد. پس از آن مجمع الجزایر بحرین مدت 180 سال در اختیار و تحت‌نظر کامل حکومت ایران بود. در دوران قاجار اگرچه ایران مالک رسمی این سرزمین محسوب می‌شد اما با حکومت آل‌خلیفه بر بحرین، به تدریج زمینه سلطه انگلیس بر این منطقه مهیا شد.
در سال 1783 «شیخ احمد بن‌خلیفه از خاندان «خلیفه» که از منطقه نجد در مرکز عربستان به کویت مهاجرت کرده بود، به این سرزمین حمله کرده و پس از شکست سربازان ایرانی بر آن استیلا یافت. از آن پس، حکومت بحرین با حمایت همه‌جانبه سیاسی - استعماری انگلستان در اختیار اعضای خاندان «خلیفه» قرار گرفت. در دوره انحطاط قاجاریه، دولت انگلستان از ضعف دولت مرکزی استفاده کرد و به موجب قراردادهایی که در سال‌های 1820، 1861، 1880 و 1892 با بحرین منعقد کرد، به تدریج بر نفوذ خود در آن سرزمین افزود و بعدها مدعی شد که از زمان قرارداد 1820 دولت انگلستان شیخ بحرین را مستقل می‌شناخته است.
دوران پهلوی اول؛ اعتراض ایران به جامعه ملل
در دوران رضا شاه نیز ایران همچنان مدعی حاکمیت بر بحرین بود. در سال 1927دولت انگلستان قراردادی با عربستان سعودی درباره بحرین امضا کرد. دولت ایران بلافاصله نسبت به آن معاهده به‌طور رسمی اعتراض کرد و از آن به‌عنوان «تجاوز به تمامیت ارضی ایران» به جامعه ملل شکایت کرد. این دادخواهی ایران، توسط مخبرالسلطنه به‌عنوان نخست‌وزیر، در صفحه 605 «روزنامه جامعه ملل» مورخ ماه مه 1928 به چاپ رسید، اما به علت ضعف جامعه ملل و سپس شروع جنگ‌جهانی دوم و اشغال ایران توسط متفقین در اوت 1941 این اعتراض ایران راه به جایی نبرد.
دوران پهلوی دوم؛ مصادره بحرین
از اوت 1941 تا اوایل 1956 هیچ اقدام اساسی از طرف حکومت ایران به منظور اعاده حاکمیت کشور بر بحرین به عمل نیامد و تنها مطبوعات کشور هر از چندگاهی به مسوولان مملکتی موضوع تعیین تکلیف بحرین و احقاق حقوق ایران را یادآوری می‌کردند تا آنکه در سال 1956 حوادثی در بحرین اتفاق افتاد که منجر به اعلام وضع غیرعادی و دستگیری تعداد زیادی از ایرانیان مقیم این کشور شد. حکومت ایران در برابر این تحولات بلافاصله واکنش نشان داد و وزیر خارجه وقت ایران در آوریل 1956 طی یک مصاحبه مطبوعاتی حاکمیت ایران بر بحرین را از ابعاد مختلف حقوقی و تاریخی مورد تایید قرار داد. هیات دولت نیز در نوامبر 1957 لایحه تقسیمات جدید کشوری را که به موجب آن بحرین استان چهاردهم ایران محسوب می‌شد، در حضور شاه به تصویب رساند. اتحاد جماهیر شوروی اعلان حاکمیت ایران بر بحرین را مورد تایید رسمی قرار داد اما انگلستان این موضع ایران را رد کرده و بر استقلال بحرین تحت حمایت خود تاکید کرد. موضع انگلستان در کشورهای عرب با استقبال روبه‌رو شد، به‌نحوی که بلافاصله اتحادیه عرب علیه ایران موضع‌گیری کرد. حکومت ایران نیز پس از آن به تدریج آنچنان در موضع تدافعی قرار گرفت که حداقل مساله بحرین را برای مدت 10 سال مسکوت باقی گذاشت.
در سال‌های 1965-1964 فعالیت‌های انقلابی اعراب در خلیج‌فارس شدت گرفت. در نوامبر 1967، نیروهای انگلیسی به دنبال جنگ‌های داخلی یمن از بندر استراتژیک عدن (نزدیک باب المندب و ابتدای جنوبی دریای سرخ) خارج شدند و به‌دنبال آن، جمهوری دموکراتیک خلق یمن (یمن‌جنوبی) به‌عنوان یک کشور سوسیالیستی افراطی شکل گرفت. این کشور به‌زودی حامی جنبش‌های انقلابی و چپ‌گرای منطقه شد و در این راستا با ایران و نیز کشورهای میانه‌رو (و غرب‌گرای) عرب به‌عنوان کشورهای مرتجع شروع به مقابله و مخالفت کرد. انگلستان پس از خروج از عدن (یمن‌جنوبی)، نیروهایش را به بحرین منتقل کرد و به این ترتیب پس از عدن، مجمع الجزایر بحرین به‌عنوان پایگاه مهم انگلستان در شرق سوئز و خلیج‌فارس مطرح شد. مدتی بعد در ژانویه 1968، پس از اینکه انگلستان اعلام کرد که نیروهایش را تا پایان سال 1971 از شرق سوئز خارج خواهد کرد، دولت ایران از این تصمیم استقبال و اعلام کرد که از حق حاکمیت خود بر بحرین منصرف نشده است. سپس با طراحی و هدایت انگلستان قرار شد فدراسیونی متشکل از 9 شیخ نشین جنوب خلیج‌فارس در قالب یک کشور واحد پس از خروج نیروهای انگلیسی از منطقه تشکیل شود.
شیخ بحرین با ابراز ناخشنودی از مساله خروج آتی نیروهای انگلیسی و ادعای مالکیت ایران بر بحرین آن را یک مشکل امنیتی برای آینده مجمع‌الجزایر دانست و راه حل این مشکل را در پیوستن بحرین به فدراسیون یادشده دانست، اما این مساله با وجود ادعای حاکمیت ایران بر بحرین حل‌نشدنی به نظر می‌رسید. طرح مجدد مساله بحرین و تشکیل فدراسیون عربی، فرصت مناسبی برای ایران فراهم آورد تا به منظور تثبیت حاکمیت و استقرار نیروهای خود در سه جزیره ابوموسی، تنب بزرگ و تنب کوچک با انگلستان وارد مذاکره شود. استراتژی شاه مبنی بر عدم پذیرش یک فدراسیون عربی به مثابه امتیازی برای مذاکره و چانه‌زنی در مورد بحرین و سایر جزایر ایران در خلیج‌فارس محسوب می‌شد. سرانجام تلاش ایران به جلب دوستی با کشورهای عربی خلیج‌فارس که با سفر شاه به عربستان و کویت انجام گرفت از یکسو و وسوسه‌های انگلستان در مورد معامله‌ای بهتر با ایران از سوی دیگر و فشارهای سیاسی ایالات‌متحده به ایران برای حل‌وفصل هرچه سریع‌تر اختلافات، باعث شدند که محمدرضا شاه به‌طور غیرمنتظره از ادعای دیرین ایران نسبت به بحرین صرف‌نظر کند.