با وجود روابط نسبتا مناسب و پیشگامی ایران در کمک به بازسازی افغانستان و حمایت‌های تاریخی نظیر پناه‌دادن به مهاجران افغان در کشور، برخی موارد اختلافی تعمیق همکاری‌ها میان دو کشور را تحت تأثیر قرار داده و مانع از برقراری روابط کاملا حسنه میان دو کشور می‌شود. یکی از موارد اختلافی حساس میان دو کشور از گذشته تا به امروز موضوع آب بوده است. به گزارش انجمن خرد به نقل از ایسنا، به علت پیوندهای عمیق فرهنگی، زبانی و دینی میان ایران و افغانستان نیز، ملت‌های دو کشور بیشتر تمایل به همکاری و صلح داشته‌اند. چنانچه وقتی مشکلات حادی برای همسایه ما در موضوع امنیت به وجود آمد، مردمان بسیاری از آن سوی مرزها به ایران پناه آورده و امنیت جان و مال خود را در ایران تأمین کردند.
در موضوعات کلان نیز نقش ایران برای افزایش امنیت در افغانستان بسیار حیاتی و همواره سازنده بوده است. موضوع مهاجران افغان از بحث‌های همیشه داغ و مهم در روابط میان ایران و افغانستان بوده است؛ به‌طوری‌که این مسئله در سال‌های گذشته از دغدغه‌های اصلی مقامات دو کشور بوده است و هر دو طرف همواره از مزیت‌های این مسئله برای طرف مقابل یاد کرده‌‌اند و کمتر به مشکلات آن پرداخته‌اند. این در حالی است که منافع مشترک میان دو کشور موارد بسیار زیادی را شامل می‌شود و جمهوری اسلامی ایران بنا بر سیاست اصولی خود در برخورد مناسب با همسایگان همواره از هرگونه کمک به این کشور استقبال کرده و از کشورهای پیش‌قدم در بازسازی افغانستان بوده است. ایران برای سال‌های متمادی مأمن امنی برای مهاجران افغان بوده است و با وجود مشکلاتی که گاهی در‌این‌باره به وجود آمده؛ به‌طورکلی حمایت‌های بسیاری از کشورهای همسایه و میزبانی از اتباع آن انجام داده است؛ به‌طوری‌که بارها مقامات سازمان‌های بین‌المللی نظیر سازمان ملل متحد از نقش مثبت ایران در پذیرش مهاجران افغانستانی تشکر ویژه کرده است. ایران در حرکتی دیگر برای حمایت و تشویق پناهندگان افغانستانی برای کسب تحصیل و با اعتقاد به ارتقای سطح سواد و آموزش پناهندگان افغانستان که با وجود داشتن پتانسیل بالای هوش و فرهنگ، یکی از دلایل عمده مظلوم واقع‌شدن‌شان در تاریخ بوده، به خانواده‌های دانش‌آموزانی که در مدرسه ثبت‌نام كرده‌اند، نیز امتیاز کسب اقامت داده است که موجب استقبال زیادی از مهاجران شد؛ اما منافع قدرت‌های مداخله‌گر و بلندپروازی‌های دولت‌ها در دنیای واقعی در مواردی که از برخی عناصر حیات‌بخش مانند آب برای کسب قدرت و احراز هویت استفاده می‌کنند، چشم‌انداز صلح و همکاری را تیره کرده و امیدها برای زندگی مسالمت‌آمیز را کاهش می‌دهد. عملکرد دولت افغانستان نیز نشان می‌دهد که بیشتر بر مدار قدرت‌طلبی در داخل و قدرت‌نمایی در خارج حرکت می‌کند.
اختلاف‌نظرهای عمیق و تاریخی بر سر آب رودخانه هیرمند، درحال‌حاضر با تأکید دو طرف بر اجرای صحیح قرارداد ۱۳۵۱ هیرمند تا حدودی فروکش کرده است؛ اگرچه درباره اجرای صحیح این قرارداد از سوی مقامات افغان نیز سؤالاتی مطرح می‌شود و بخشی از منافع ایران نیز در قراردادی که پیش از انقلاب اسلامی به امضا رسید، قربانی سیاست‌های قدرت‌های بزرگ در دوران نگرانی غرب از نفوذ کمونیست‌ها در افغانستان شده است؛ علاوه‌بر‌این، در معاهده ۱۳۵۱ هیرمند، نیاز زیست‌محیطی تالاب‌های بین‌المللی هامون که میراث مشترک دو کشور است، دیده نشده است. در شرایط کنونی نیز افغان‌ها با توسعه زیرساخت‌های کنترل منابع آب در بالادست رودخانه هریرود و احداث سد سلما، باعث کاهش شدید جریان ورودی به سمت ایران شده‌اند و با برنامه‌های آتی بیم آن می‌رود که جریان آب به سوی بخش‌های شرقی کشورمان کاملا قطع شود. موضوعی که شاید خسارت بسیاری بر مردم شهرهای مهمی مانند مشهد تحمیل كند. بررسی‌ها نشان می‌دهد که افغان‌ها تاکنون درباره حقابه عرفی و قانونی ایران در رودخانه مشترک هریرود همکاری نکرده‌اند و عملا پیگیری‌های ایران نیز در‌این‌باره بی‌نتیجه مانده است.
همچنین افغانستان درباره ورود آب به تالاب‌های بین‌المللی هامون و حقابه این تالاب‌ها اهمال زیادی به خرج می‌دهد و عملا رسالت خود را به‌عنوان کشوری مهم برای حفاظت از محیط زیست منطقه و تالاب‌های بین‌المللی هامون به‌درستی انجام نمی‌دهد. در شرایطی که ایران تاکنون اقدامات مهمی در سطح بین‌المللی برای حفاظت از محیط زیست هامون انجام داده و عزم خود را در به‌ثبت‌رساندن تالاب‌های هامون (واقع در خاک ایران) در کنوانسیون رامسر و نیز ثبت آن به‌عنوان ذخیره‌گاه زیست‌کره یونسکو به اثبات رسانده، افغانستان کماکان تمایلی برای انجام یک اقدام مشترک و بین‌المللی برای حفظ این میراث مشترک انجام نداده است.