ظاهراً جنگ سرخپوستان که تقريباً مزمن گردیده بود را می‌‌‌توان به سه دوره مختلف تقسیم و تحت مطالعه و بررسی قرار داد.

ابتدا عکس العمل خصومت آمیز قبایل بومی (سرخپوست) که خود را در معرض خطر می‌‌‌دیدند به ظهور رسید. به این ترتیب مهاجران ویرجینیا از سال ۱۶۲۲ ضربات سختی را متحمل گردیدند. اتحاد قبایل مانند اتحاد پوهاتانها(Powhatan) که ویرجینیا را تحت محاصره‌ی خود گرفته بودند، بسیار نیرومند و از نظر نفرات، کثیر بود. جان اسمیت در نقشه خود صدو بیست دهکده را به آنان نسبت می‌دهد. رئیس قبیله که واهونسونکوک (Wahunsonock) نامیده می‌‌‌شد و بیشتر به پوهاتان شهرت داشت، شخصی صلح طلب و آماده مصالحه بود. دلیل بارز آن اینکه وی با ازدواج دختر خود پوکاهونتاس (Pocahontas) با یک سفیدپوست معتبر که از اولین توتونکاران به شمار می‌‌‌رفت و جان رالف نامیده می‌‌‌شد، موافقت کرد لیکن این رئیس قبیله در سال ۱۶۱۸ درگذشت . برادرش او په چان کانو که با سفید پوستان شدید سر دشمنی داشت، جانشین او شد. وی در ۲۲ مارس ۱۶۲۲ با حمله‌ای بسیار سخت و حساب شده به کلیه تأسیسات ویرجینیا حمله کرد و ۳۴۶ انگلیسی را به قتل رساند و تمامی‌‌‌دهکده‌ها غیر از جیمز تاون را ویران ساخت. این سرآغاز یک جنگ چهارده ساله بود که در شریان آن سفیدها ترحمی در حق بومیان روا نداشتند و به طور منظم دو یا سه بار در سال کشت و زرع و محصول لوبیا و کدو و هندوانه و توتون ایشان را منهدم می‌‌‌ساختند. در سال ۱۶۳۶ مصالحه‌ای نسبی برقرار گردید که چند سال بیشتر دوام نیافت. او په چان کانوی پیر سال ۱۶۴۱ و سایل یک کشتار همگانی دیگر سفیدپوستان آخرین را تدارک دید که در پایان آن در حدود پانصد سفید پوست در یک روز به قتل رسیدند. این جنگ بیرحمانه فقط هنگامی خاتمه یافت که این سرکرده سرسخت، اسير و اعدام گردید.

نمونه دیگری از این جنگ‌های سخت، جنگ معروف پکوت‌ها است که در سال ۱۶۳۷ در نیوانگلند درگرفت.

پکوتها جزو قبیله موهیگان، به شمار می‌‌‌آمدند لیكن از آن منفک گردیده بودند. جنگ با قتل یک بازرگان انگلیسی آغاز شد و پس از آن دوران انتقام جویی و کینه توزی و مقاومت در برابر کینه توزیها آغاز گردید. ساساکوس رئیس قبیله پكوتها امیدوار بود که ناراگانس‌ها را نیز با خود همداستان کند، لیكن در سایه نفوذ راجر ويليامز و اعتباری که وی نزد ناراگانس‌ها داشت، این وضع پیش نیامد. بیست و ششم مه ۱۶۳۷، عده‌ای از قوای انگلیسی که فرمانده آن بر عهده کاپیتان، ج، میسن بود موفق گردید تا مخفیانه خود را به نزدیکی دهکده اصلی پکوتها که طبق معمول نرده‌های چوبین داشت برساند. وی این دهکده را به آتش کشید. هر که قصد گریختن داشت، بیرحمانه به قتل رسید بر این منوال در حدود ۶۰۰ مرد و زن در مدتی کمتر از یک ساعت به خاک هلاک افتادند و به حمله کنندگان هیچ آسیبی نرسید و تلفات جانی بر آنان تحميل نگردید. قبیله فوق از آن پس نتوانست از این مصیبت قد راست کند.
در دوره‌ی بعدی، فشار سفید پوستان برای بومیان جای ایستادگی باقی نگذاشت و بومیان اندک اندک از صرافت غرور قبیله‌ای خود افتادند و بر آن شدند تا اختلافات را کناری نهاده و از در آشتی در آیند و به این ترتیب بسیاری موفق گردیدند تا از نقطه نظر تجاری و داد و ستد یا انجام امور عمومی روابطی با سفید پوستان برقرار سازند. از میان سه جنگ اصلی: جنگ فیلیپ شاه (۱۶۷۵ - ۱۶۷۶) در نیوانگلند، جنگ توسکاروراس (Tuscaroras) (۱۷۱۱ - ۱۷۱۲) در کارولینای شمالی و جنگ یاماسیس (Yamassees) (۱۷۱۴ - ۱۷۱۵) در کارولینای جنوبی، جنگ اول از همه طولانی تر و خونین تر بود. این جنگ مستعمره کوچک پلیموت را در معرض آزمونی بسیار سخت قرار داد. شخصی که مهاجران، فیلیپ شاه می‌‌‌نامیدندش و نام واقعی‌اش متاکومت (Metacomet) و رئیس قبیله وامپانواگها (Wampanoags) بود، دسیسه‌ای فراهم آورد که فاش گردید. لیکن کسی که او را لو داده بود، به دست بومیان به قتل رسید و انگلیسی‌ها نیز قاتلین را اعدام کردند.
در جنگ توسکاروراس با اینکه کوری‌ها (Coree) نیز به یاری شتافتند شکست سرخپوستان اجتناب ناپذیر گردید. آنچه از این قبایل باقی مانده بود به شمال دریاچه اونه یيدا (Oneida) کوچیدند و به ایروکواها پیوستند و از الحاق آنها «ملت» ششم پدید آمدند.
در تابستان و پاییز همان سال، جنگ و گریزها و سوزاندن دهکده‌ها بطور مرتب ادامه یافت. آخر سر شکست بزرگی که بومیان در نوزدهم دسامبر ۱۶۷۵ به خود دیدند، رشته مقاومت ایشان را بکلی از هم گسیخت. نبرد اخیر وقتی به طور کامل پایان گرفت که فیلیپ شاه در جریان حمله‌ای نابهنگام در دوازدهم اوت ۱۶۷۶ به قتل رسید. سر این مرد را پیروزمندانه به پلیموت آوردند، بر بالای چوبه دار در ملاء عام آویختند و برای عبرت سایرین، یک ربع قرن در همان جا باقی ماند.
در بحبوحه این دوره درگیری‌های دلهره انگیز، میان بومیان و مهاجران در خطوط مرزی، گاه تیرگی روابط میان حاکم مستعمره و سکنه ناراضی وخامت اوضاع را افزونتر می‌‌‌ساخت.
خروج شخصی به نام بیکن (Bacon) در ویرجینیا نمونه بارزی از این شورش‌ها به شمار می‌‌‌رود. در آن هنگام و از سال‌ها پیش برکلی حاکم ویرجینیا شدیداً مورد نفرت و کینه مردم بود زیرا سکنه‌ای که از مالکیت زمین بی بهره بودند، حق رأی نداشتند و حتی زمینداران نیز می‌‌‌دیدند که مشاغل مهم از آن کشتکاران ثروتمند یا دوستان شخصی حاکم پادشاه است. کسانی که بیش از همه در معرض تاخت و تاز سرخپوستان قرار داشتند، یعنی پیشقراولان مرزی، از اینکه به طرز موثری از جانب چریکها حمایت نمی‌شدند، شکوه داشتند و حاکم و دار و دسته وی را متهم می‌‌‌ساختند که با وحشی‌ها سیاست کج دار و مریز پیشه ساخته‌اند تا به تجارت پوست و خز که انحصار آن در دست حاکم بود و از این راه سودی کلان نصیبش می‌‌‌شد، ادامه دهند. حمله خونینی که از سوی سرخپوستان برضد مرزبانان پیشقراول انجام گرفت، عصیانی راستین در میان ایشان برانگیخت. زیرا بر این عقیده بودند که حاکم و کشتکاران ساحلی عمده در مورد آغاز عملیات تلافی جویانه اهمال می‌‌‌ورزند و از این رو پیشقراولان دره علیای رودخانه‌های جیمز و یورک، رأساً به انتقامجویی و مقابله به مثل برخاستند. در این بین نجیب زاده جوان و ثروتمندی به نام ناتانیل بیکن به جانبداری از ایشان برخاست و در رأس شورشیان به قلعه اصلی سرخپوستان حمله برد و صد و پنجاه «وحشی» را از پای در آورد. از آن پس گروه دیگری از افراد ناراضی به آنان پیوستند و شورش مسلحانه برضد حاکم و عمال دست نشانده‌اش کیفیت طغیانی به خود گرفت. شورشیان از این هم پا فراتر نهاده، به جیمزتاون که پایتخت محسوب می‌‌‌شد، حمله بردند و آن را به آتش کشیدند. لیکن طولی نکشید که بیکن در اثر یرقان درگذشت و طغیان مردم نیز با حلق آویز کردن عده‌ای از شورشیان فرو نشست.
لازم به یادآوری است که در طول این دو دوره که خصومتی نهانی میان بومیان و سفیدها برقرار بود، تنی چند از نخبگان سفید پوست عواطف بشردوستانه ای در قبال سرخپوستان بروز دادند، و به همین لحاظ برداشتی حاکی از حسن تفاهم پیشه ساختند و حتی برآن شدند تا روابط منصفانه‌ای در برابر بومیان که ناجوانمردانه مورد تجاوز قرار گرفته بودند پیشه کنند. راجر ویلیامز که در میان ناراگانس‌ها مأمن گزیده بود، دوست حق شناس و وفادار بومیان به شمار آمد. قرارداد خرید زمین که وی با بومیان منعقد ساخت، برخلاف همیشه معامله‌ای دغلکارانه نبود.
ویلیام پن نیز در منطقه مورد امتیاز خویش، از همان ابتدا رفتاری سخاوتمندانه با سرخپوستان پیشه کرد. وی اندک زمانی پس از استقرار، مجمعی با همسایگان سرخپوست خود تشکیل داد. عده‌ای از آنان با سینه‌هایی که به رنگ سرخ نقاشی شده و مسلح به تیر و کمان نیزه، در مجمع حضور یافتند. کویکرها برعکس هیچ نوع سلاحی همراه نداشتند. پن تا سر حد امکان به سرخپوستان تفهیم کرد که مهاجران خواهان صلحند و مایلند تا با همسایگان خود شرط عدل و انصاف را رعایت کنند و به داشتن روابط دوستانه با ایشان شایقند و بر آنند زمین‌های مورد نیاز خویش را به بهایی عادلانه خریداری کنند. به علاوه چنین توافق گردید که دعوی‌های میان بومیان و اروپاییان در شورایی مرکب از شش بومی سرخپوست و شش سفید پوست اروپایی حل و فصل گردد. سرخپوستان نیز تعهد دادند که طالب صلح و صفا باشند و به همراهان پن حمله نبرند. براستی نیز تا زمانی که پن در قید حیات بود، پیمان دوستی‌اش با بومیان استوار ماند و با صداقت کامل محترم شمرده شد.
در سرزمین‌های دور از ساحل ایالت نیویورک نیز از جانب حکام کوششی راستین در باب همزیستی مسالمت آمیز با بومیان مصروف گشت. اوضاع در آن نقطه بالقوه خطرناک بود، زیرا قبایل بومی سرخپوست منطقه، بسیار نیرومند بودند. اینان پیش از رسیدن سفید پوستان، متحد شده و کنفدراسیون مانندی تشکیل داده بودند. این سرخپوستان «ملل (طوایف) پنجگانه» خانواده ایروکوا بودند: موهاوک(Mohawk)، اونه‌ییدا(Oneida)، اونونداگا(Onondaga)، کایوگا(Cayuga)، سنكا(Seneca)، طوایف پنجگانه دارای یک شورای مشترک بودند و هرکدام تعداد ثابتی نماینده داشتند و مراسم مشترک و دسته جمعی اجرا می‌‌‌کردند که روح پیروزی و غیرت را براستی در آن بر می‌‌‌انگیخت؛ از این رو خصمی بس خطرناک و سرسخت به شمار می‌‌‌رفتند. قبایل مجاور، از ایروکواها حساب می‌‌‌بردند و سخت از ایشان بیم داشتند و بسیاری بر اطاعت ایشان گردن نهاده یا به وسیله آنها منهدم گشتند: مثلا هورون‌ها(Huron)، نوترال‌ها(Neutral)، اریه‌ها(Erie) به ترتیب در سالهای ۱۶۴۸، ۱۶۵۰، ۱۶۵۵ به دست قبایل مذکور تار و مار گشتند. در پس این منطقه فرانسه جدید قرار داشت که تهدیدی روزافزون برای مستعمرات انگلیسی به شمار می‌‌‌آمد. ملاحظات گوناگون مذکور، حکام نیویورک را بر آن داشت تا در برابر قبایل پنجگانه فتنه جو جانب احتیاط را رعایت کنند. به همین لحاظ سر ادموند آندروس (Sir Edmund Andros) شورایی برای مراقبت بر حسن رفتار در قبایل سرخپوستان و حل و فصل مطلوب کشمکش‌هایی که ممکن بود میان پیشقراولان و بومیان رخ دهد، تشکیل داد.
در سومین دوره درگیری بومیان با سفیدها، سرخپوستان برای ایفای نقشی مهم که گاهی قاطع و سرنوشت ساز بود، فراخوانده شدند تا در سرزمین آمریکا در جنگ‌هایی که میان منافع انگلیسی‌ها، فرانسوی‌ها و اسپانیایی‌ها درگرفته بود، شرکت جویند. حتی بعضی قبایل جنوبی به وسیله فرانسوی‌ها و اسپانیایی‌ها مسلح گردیدند. بعضی قبایل شمال نیز به میل خود با فرانسویان پیمان اتحاد بستند. اختلاف میان قبایل و منافع تجارتی در جبهه بندیهای سیاسی و جنگی، نقش مهمی ایفا می‌‌‌کرد. غالب اوقات در نتیجه وعده‌ها و هدایایی که به رؤسای قبایل پیشکش می‌‌‌شد، طرفداری قبیله‌ای جلب یا همان قبیله عليه قبیله‌ای دیگر برانگیخته می‌‌‌شد و دوستی آن به سود یکی از طرفین متحارب اروپایی جلب می‌‌‌گردید. به هر حال از جلب یاوری سرخپوستان هرگز مسامحه نمی‌شد و این واقعیت محض است که جنگ‌های هفت ساله (یا اگر دقیق تر بگوییم جنگ‌های نه ساله) هنوز نیز در کتب تاریخ انگلیسی - آمریکایی، جنگ فرانسه و سرخپوستان نامیده می‌‌‌شود. هرگاه پشتیبانی ایروکواها از انگلیسی‌ها در برابر ائتلاف و اتحاد فرانسویان با بومیان، در بین نمی‌بود، جنگ، جریان دیگری می‌‌‌یافت یا دست کم سرعت کمتری
می‌گرفت.
در طول قرن، پیش از آخرین و سرنوشت سازترین آزمون قدرت میان دو رقیب، انگلیسی‌ها توانستند با مهارت تمام ایروکواها را به نفع خویش و برضد حریف بسیج کنند.
باز در اواخر قرن هفدهم بود که توماس دونگان حاکم انگلیسی، معاهده‌ای با ایروكواها منعقد ساخت که به موجب آن، ایروکواها حقوق حمایت از خویش را به انگلیسی‌ها محول ساختند و به ایشان مأموریت دادند که در برابر هر نوع حمله‌ای، از سوی سایر بومیان یا سفید پوستان، از آنها حمایت کنند. اگر این معاهده را اتفاقی نیز بینگاریم، ایضاحاتی که در مورد سرزمینها و خاک امریکا در بر داشت به ایالت نیویورک اجازه داد تا ادعای ارضی خود را در مورد سرزمینهایی که به وسیله قبایل پنجگانه اشغال شده بود، تعمیم دهد و آنها را به خاک خود منضم سازد.
حاكم دیگری به نام جورج کلینتون(George Clinton) با تمهیداتی، پشتیبانی و دوستی ایروکواها را نسبت به انگلیسی ها تأمین نمود. در یکی از پاسگاههای مقدم مستعمره یک افسر انگلیسی به نام ویلیام جانسن می‌‌زیست که بعدها به سر ویلیام جانسن معروف گردید. وی روابطی بسیار صمیمانه و کاملا استثنایی با بومیان داشت. به زبان ایشان سخن می‌‌‌گفت، در خطابه‌ها و مراسم شان شرکت می‌‌‌جست و در تجارت پوست و خز ایشان را یاری می‌‌‌داد. حتی قبیله ایروکوایی موهاوک وی را به عنوان یکی از اعضا و بعداً به عنوان رئیس قبیله برگزید. این رئیس قبیله سفید پوست در مراسم سرخپوستان سینه خود را به رنگ سرخ می‌‌‌آراست و پر عقاب بر سر می‌‌‌زد. در سال ۱۷۴۳ کلینتون از این موقعیت مناسب برای برقراری ارتباط میان انگلیسی‌ها و ایروكواها با زرنگی خاصی سود جست.
به این ترتیب یک رسم دوستی راستین میان انگلیسی‌ها و ایروکواها پی ریزی شد که در آخرین مرحله رقابت با فرانسه بسیار پر اهمیت گردید.

لیکن این مسئله در تاریخ روابط سرخپوستان و آمریکایی ها، جز یک واقعه معترضه چیز دیگری نبود. به مجرد آنکه خطر فرانسویان مرتفع گردید، اصطکاک روزافزون منافع میان متجاوزان و بومیان دوباره جان گرفت، آن هم در منطقه‌ای از جنوب دریاچه‌های بزرگ که از سرزمینهای اصلی مورد ادعا به شمار می‌‌‌آمد. بنابراین شورشی که به وسیله پونتیاک (Pontiac) رئیس قبیله اوتاواها، درست فردای شکست قطعی فرانسه در کبک و حذف واقعی آن کشور از آمریکای شمالی، ترتیب یافت، نمایانگر فراست و هوشیاری این فرمانده قابل سرخپوستان محسوب می‌‌‌گردید. این میهن پرست خردمند و تیزبین سرخپوست بخوبی دریافته بود که تسلط انگلیسی‌ها همراه با استقرار پیشقراولان که مرتباً زمین‌ها را ضبط می‌‌‌کردند، از استیلای فرانسویان بمراتب ترسناک تر و مضرتر است زیرا فرانسویان فقط به تأسیس دژها و ایجاد مراکز داد و ستد پوست، آنهم در نقاط خاص، قانع بودند.